【案情】
原告：日照市盛华水产集团公司
被告：天津航道局
被告：日照港务局
1991年1月，石臼港务局作出《石臼港总体布局规划》，并报送有关单位。交通部、山东省人民政府于1991年 1月4日以（91）交计字74号文件，作出《关于〈石臼港总体布局规划〉的批复》，该批复明确自批复下达之日起，在石臼港港界范围内不得再建与规划的港口功能无关的其他永久性建筑物，必须建设的临时性建筑物，需经港务局同意，签订必要的协议文件，港口发展建设时需拆除的，应无条件拆迁。对石臼港港界范围外的岸线由日照市主管部门按照规定监督实施。属港区范围的，授权石臼港务局监督执行。
石臼港务局后更名为日照港务局(以下简称港务局)。
1993年4月15日，日照市水产局和东港区石臼街道办事处作为甲方，日照港务局作为乙方，日照市土地管理局作为中间方签订了《关于对日照港务局规划的中、西港区范围内的海带田养殖区搬迁补偿协议书》，该协议书确定，为切实解决好日照港规划的中西港区规划范围内海带田（包括海参、扇贝、贻贝、石花菜等养殖物）养殖区搬迁补偿问题，确保国家重点工程建设的顺利进行，双方就日照港中西港区规划范围内海带田搬迁补偿达成如下协议：甲方需搬迁规划的中西港区规划范围内的海带田养殖区，经双方核定共2000亩，一次性搬迁，补偿费共计1400万元,分三次付清：1993年4月30日前付400万元，1993年8月31日前付500万元，其余500万元于1993年12月31日前全部付清。自本协议签订后，海带田开始搬迁，整个搬迁工作，于1993年12月31日前全部完毕。乙方在施工期间，甲方在上述海区范围内尚未搬迁的海带田，如因施工造成损害，乙方不再给予赔偿。
日照市人民政府1993年4月15日作出的（11）号《关于日照港中、西港区规划范围内的海带田养殖区搬迁补偿问题的纪要》对上述协议作了记载。
此后，港务局分别于1993年4月30日和8月31日支付了搬迁补偿费400万元和500万元。海带田也开始搬迁。但海带田未如期搬迁完，其余500万元搬迁补偿费也未如期付清。
1998年4月20日，日照市人民政府办公室印发了日照市人民政府专题会议纪要[1998]第9号《关于日照港港口建设协调会议纪要》。该纪要述明，海上养殖区的拆迁界限 ：以东海育苗厂南150米向东平行坐标线至东港区码头连线为拆迁界限，界限以北部分，所有养殖设施必须于5月底前拆除。港口航道中心线两侧各215米的水域，以及航道口门处至锚地之间的养殖设施和渔网，均需于5月底前拆除。对今后因清理航道可能造成的航道边缘海水污染，由石臼街道办事处、日照开发区负责，分别向群众做好解释工作，并不得要求另行赔偿。原遗留的拆迁费500万元由日照港务局分两期付给市政府，4月底前付250万元，待市政府于5月底前组织有关单位检查验收合格后，将另外250万元付清。本纪要确定的拆迁及遗留拆迁费支付，各有关方已如期履行。
1995年日照市东港区人民政府对各养殖区进行确权发证，此证（除98年市政府第9号专题会议纪要确定拆迁的养殖面积）至今有效。其中有养殖区在日照港界之内。5月18日，东港区人民政府为东港区石臼街道六村居委会颁发了0006号浅海滩涂养殖使用证。养区类别扇贝，盛华公司属东港区石臼街道办事处六村居委的一个水产企业，具有法人资格。
1997年12月24日，港务局委托青岛海洋大学环境保护研究中心对木片码头工程环境影响进行评价。1998年8月青岛海洋大学出具了《日照港木片码头工程项目环境影响报告书》。评价结论中对施工期预测表述为，施工期悬沙浓度和沉积厚度，主要在回填区溢流口附近较大，由于周围没有浅海养殖，且为短期效应，故对海洋环境影响不大。污染防治对策中对施工期污染防治对策表述为，选择吹填区溢流口的合适位置，尽量放在弱流区，且应远离排泥管处，应控制溢流口悬浮物浓度不大于50mg/L，若浓度过大时，应合理调度，采取必要措施后再排放。吹填作业应在围堰工程建成后进行，围堰内侧应有防悬浮泥沙外漏的措施。
随后，港务局按工程设计要求进行施工，建成了回填区的内外护岸及溢流口，内、外护岸倒滤层的建设，取得了日照港建设监理有限公司出具的合格验收单。
1999年5月27日日照港东西港区进港航道改道工程竣工验收委员会出具了日照港东西港区进港航道改造工程竣工验收证书。6月15日日照港务监督向交通部海事局出具了《关于日照港东西港区进出港航道正式启用的请示》。2000年7月20日，国家海事局向日照海上安全监督局作出海通航字[2000]392号《关于日照港东西港区进出港航道正式启用的请示》的批复，同意启用航道。
2000年5月23日日照港务监督颁发日港监准字（2000）第003号《水上水下施工作业许可证》，准许天津航道局第二疏浚公司“吸扬12”等船自2000年5月29日至2001年4月30日在木片码头港池及航道水域范围内进行疏浚及陆域吹填作业。此后，“吸扬12”在木片码头港池及航道水域范围内开始施工作业。
2000年3月盛华公司从烟台购进小规格扇贝苗种2950万粒，共计价值219934元，盛华公司称将上述苗种放养于养殖区内培育。
2000年7月15日，盛华公司向东港区水产局和港务局递交了“天津航道局吸扬12号吸泥船给日照港木片码头回填排放的污水，给我扇贝苗种造成死亡损失的报告”，说吸扬12号吸泥船排出大量污水，给养殖区造成严重污染，从6月中旬起，扇贝苗开始死亡。到目前，2950万粒扇贝苗种全部死亡，给盛华公司4个养殖厂造成了重大经济损失。请求渔业环境监测部门、吸扬12号和日照港务局领导及水产、渔政部门现场勘察，找出事故原因，并给予协调解决经济赔偿问题。
2000年7月20日下午3时，渔政监督管理站站长吴乃强、检查员李文先、孟涛对扇贝养殖现场进行了勘察，制作了勘验笔录及扇贝受损情况勘验报告，报告中称“一、污水来源：从九村码头上船出海到木片码头东坝堤中间处看到有宽约70米坝堤大量排放浓度很高的黄色污水，随污水的流向一直看到盛华公司的养殖区，看到黄色污水还大面积存在，但浓度比坝堤处有些减轻。二、扇贝苗死亡情况：经查看，盛华公司约有9000笼苗种。抽取了3笼样本，共查出死扇贝8952粒，活扇贝206粒，死亡率达99%以上。通过抽样调查计算出盛华公司的扇贝苗数量约有2750万粒。”
2000年7月26日，农业部渔业环境监测中心黄渤海区监测站出具了（2000）农黄渤海环监报告第007号“山东省日照市东港区盛华水产集团公司扇贝养殖水域污染事故调查报告”，该报告结论为：2000年6月以后，受天津航道局吸扬12船在日照港挖泥围堰填海的影响，盛华水产集团公司扇贝养殖区悬浮物含量超过《渔业水质标准》，造成悬浮物污染，泥沙大量沉积，使扇贝养殖笼的网衣上糊满了泥沙，网眼被糊死，扇贝养殖笼内与外界无法进行水交换，最终导致养殖笼内的扇贝窒息死亡。”同日，农业部渔业环境监测中心黄渤海区监测站还出具了（2000）农黄渤海污损评报告第
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